دانشکده مهندسی دانشگاه بيرجند در سال 1367 تحت عنوان آموزشکده فنی تاسيس و در سال 1368 با پذيرش دانشجو در رشته کاردانی الکترونيک آغاز به كار نمود. با توجه به ايجاد رشته هاي جديد  و پذيرش دانشجو در مقاطع كارشناسي، با تاييد شوراي گسترش آموزش عالي در ارديبهشت ماه سال 1372 به دانشكده مهندسي تكنولوژي تبديل شد.

 سرانجام در سال 1382 در راستاي اصلاح طرح جامع دانشگاه بيرجند و بر اساس تصويب دفتر امور آموزش عالي سازمان مديريت به دانشكده مهندسي تغيير نام يافت. در حال حاضر دانشکده مهندسی دارای شش گروه آموزشی مهندسی: الکترونيک و مخابرات، قدرت، کامپيوتر، مکانيک، عمران و معدن است و از همکاری 50 عضو هيئت علمی تمام وقت در مراتب مختلف علمی برخوردار است. هم اكنون حدود 2500 دانشجو در رشته ها و گرايش های مختلف (کارشناسی،کارشناسی ارشد و دکترا ) در اين دانشكده تحصيل مي كنند.اولين دوره دكترا در رشته مهندسي مكانيك از مهرماه 1387 آغاز شده و دومین دوره دکترا در رشته مهندسی برق از بهمن ماه 1390 پذیرش دانشجو خواهد داشت.

 دانشکده مهندسی به لحاظ تجهيزات و تنوع کارگاهها وآزمايشگاهها در منطقه منحصر به فرد است كه بخش عمده ای از اين امكانات قابليت بکارگيری در بخش های مختلف صنعت، معدن و کشاورزی در بخش پژوهش و انجام تست های استاندارد ملی را دارا هستند. توسعه رشته هاي موجود به لحاظ كيفي، ايجاد ساير رشته هاي مادر مهندسي مورد نياز منطقه در مقطع كارشناسي، گسترش دوره هاي تحصيلات تكميلي و ايجاد مراكز پژوهشي بنيادي و كاربردي از اهداف اساسي دانشكده مهندسي دانشگاه بيرجند است.